Há cerca de 500 anos, a região de Mesquita era habitada por jacutingas, apelido dado aos índios locais pelos colonizadores. Acredita-se que o nome possivelmente surgiu porque se enfeitavam com penas de jacu branco, um tipo de ave parecida com a galinha e muito comum na região naquela época.
A decadência dos jacutingas começou quando passaram a participar, junto com outras nações indígenas, de um movimento chamado Confederação dos Tamoios. O motivo deste movimento foi a revolta dos silvícolas diante da ação violenta dos portugueses, provocando mortes e escravidão.
Vila EmilNa língua do Tupinambás “Tamuya” quer dizer o avô, o mais velho, o mais antigo, por isso essa Confederação de chefes chamou-se Confederação dos Tamuya, que os portugueses transformaram em Confederação dos Tamoios.
A guerra entre índios e portugueses, seguida de doenças, contraídas pelo contato com o branco, dizimou centenas de índios, que lutaram para resistir à escravidão. O bairro de Jacutinga é o único em toda a Baixada Fluminense que ainda preserva a memória dos valorosos indígenas.
Fazendo uma viagem de volta ao tempo descobriremos que as terras já foram verdes, laranjas. Verde dos canaviais, depois a cor que passou a predominar foi a dos laranjais. Por volta de 1700 um engenho já funcionava na descida da Serra da Cachoeira, produzindo açúcar e aguardente com mão-de-obra escrava.
Édson PassosO engenho era situado onde hoje temos o Parque Municipal e seu proprietário era o Capitão Manoel Correa Vasques. As terras de Cachoeira passaram por vários donos, até que foram parar nas mãos de Jerônimo José de Mesquita, o primeiro Barão de Mesquita, e, mais tarde, nas mãos de seu herdeiro, Jerônimo Roberto de Mesquita, que viria a ser o segundo Barão de Mesquita.
Em 1884, quando a Estrada de Ferro chegou às terras, a parada de trem passou a se chamar Barão de Mesquita. Nessa época as fazendas começaram a não dar mais lucros, principalmente por conta do Abolicionismo, e a fazenda da Cachoeira foi vendida e transformada em chácaras de plantio de laranjas. No início do século XX surgiram as olarias, atraídas pela qualidade do barro e por áreas alagadas da região.
Durante muitos anos a paisagem de Mesquita foi formada por laranjais, olarias e poucas residências. Por volta de 1940 a população atingia cerca de 9.109 mil habitantes, mas a decadência na produção de laranjas provocou a venda das chácaras e começaram a surgir os primeiros loteamentos, entre o pé da Serra e a ferrovia. Pouco a pouco as olarias também deram lugar aos loteamentos e, em 1950, a população triplicou para 28.835 mil habitantes.
No final da década de 1940 e início dos anos 50 começaram a se estabelecer, em Mesquita, fábricas que ajudaram a impulsionar a economia da região: BRASFERRO, metalúrgica de grande porte, a IBT, também metalúrgica e a PUMAR, indústria de sombrinhas. Começava o período de industrialização que iria empregar centenas de moradores mesquitenses.
Em 1999, após uma batalha judicial que envolveu o Comitê Pró-Emancipação, a Câmara de Vereadores e a Prefeitura de Nova Iguaçu, o Tribunal Regional Eleitoral do Rio de Janeiro e o Supremo Tribunal Federal, este último decidiu pela emancipação de Mesquita do município de Nova Iguaçu.
Em 15 de setembro de 1999 é votado o Projeto de Lei da Emancipação e em 25 de setembro de 1999, o então governador Anthony Garotinho, sancionou a lei que cria o município de Mesquita.
As primeiras eleições da cidade ocorrem em 2000, saindo-se vitorioso José Montes Paixão, que fazia parte do Comitê pró-Emancipação. A cidade é instalada a 1.º de janeiro de 2001.
